Inače, eskadrila je kada je osnovana nazvana eskadrila za obuku pilota helikoptera i u početku je djelovala u Lučkom kao izdvojena eskadrila pilotske škole Zrakoplovnog vojnog učilišta. Bila je opremljena helikopterima Mi-8, a nastavnici letenja su dovedeni iz svih tadašnjih helikopterskih eskadrila. Nakon školovanja prvog naraštaja, 1997. godine eskadrila je premještena u Zrakoplovnu bazu Zemunik i od tada se školovanje kadeta provodi na helikopterima Bell 206.
Idući važan trenutak za eskadrilu bio je u travnju 2003. godine kada je u sklopu preustroja, koji se odvijao u cjelokupnoj Hrvatskoj vojci, eskadrila izašla iz sastava tadašnjeg zrakoplovnog vojnog učilišta i postala postrojba 93. zrakoplovne baze te je promijenila naziv u eskadrilu helikoptera. Tada je u sastav eskadrile ušla i zrakoplovno-tehnička satnija koja je do tada bila u sastavu zrakoplovno-tehničke bojne i na taj je način uvelike olakšan i unaprijeđen rad svih u eskadrili.